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PASS AA=T;AC=9;AN=176;DP=6871;reflink.geneName=188443;refseq.changesAA_2=true;refseq.changesAA_3=true;refseq.changesAA_4=true;refseq.changesAA_5=true;refseq.changesAA_6=true;refseq.functionalClass_2=missense;refseq.functionalClass_3=missense;refseq.functionalClass_4=missense;refseq.functionalClass_5=missense;refseq.functionalClass_6=missense;refseq.inCodingRegion_1=false;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.inCodingRegion_3=true;refseq.inCodingRegion_4=true;refseq.inCodingRegion_5=true;refseq.inCodingRegion_6=true;refseq.positionType_1=intron;refseq.positionType_2=CDS;refseq.positionType_3=CDS;refseq.positionType_4=CDS;refseq.positionType_5=CDS;refseq.positionType_6=CDS GT:DP 0/0:30 0/0:8 0/0:219 0/0:20 0/0:5 1/0:44 0/0:47 0/0:48 0/0:194 0/0:154 0/0:216 0/0:266 ./.:3 0/0:22 0/0:181 0/0:32 0/0:257 0/0:238 0/0:12 0/0:5 1/0:7 0/0:45 1/0:108 0/0:40 0/0:230 1/0:200 0/0:227 1/0:185 0/0:6 0/0:212 0/0:12 0/0:50 0/0:10 0/0:132 0/0:34 0/0:261 0/0:9 0/0:133 0/0:54 0/0:175 0/0:11 0/0:87 0/0:1 0/0:4 ./.:0 0/0:2 0/0:3 0/0:1 0/0:4 0/0:90 0/0:16 0/0:31 1/0:16 0/0:69 0/0:45 0/0:270 0/0:3 0/0:234 0/0:9 0/0:45 0/0:255 0/0:9 0/0:9 1/0:3 0/0:87 0/0:70 0/0:5 0/0:3 0/0:18 0/0:1 0/0:37 0/0:4 0/0:64 0/0:66 0/0:12 1/0:20 1/0:11 0/0:152 0/0:67 0/0:32 0/0:13 0/0:42 0/0:5 0/0:3 0/0:8 0/0:222 0/0:5 0/0:156 0/0:127 0/0:293 1 6447290 rs45497599 C T . 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A G . PASS AA=A;AC=1;AN=178;DP=7889;reflink.geneName=78249;refseq.changesAA=true;refseq.functionalClass=missense;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:24 0/0:5 0/0:80 0/0:26 ./.:0 0/0:23 0/0:57 0/0:102 0/0:145 0/0:77 0/0:261 0/0:161 0/0:67 0/0:47 0/0:98 0/0:96 0/0:92 0/0:121 0/0:7 0/1:61 0/0:11 0/0:31 0/0:167 0/0:39 0/0:93 0/0:232 0/0:127 0/0:80 0/0:6 0/0:110 0/0:13 0/0:134 0/0:2 0/0:154 0/0:5 0/0:126 0/0:20 0/0:197 0/0:135 0/0:118 0/0:2 0/0:40 0/0:69 0/0:73 0/0:50 0/0:100 0/0:51 0/0:93 0/0:66 0/0:34 0/0:33 0/0:4 0/0:24 0/0:35 0/0:14 0/0:234 0/0:33 0/0:154 0/0:18 0/0:30 0/0:148 0/0:109 0/0:36 0/0:38 0/0:242 0/0:52 0/0:24 0/0:28 0/0:14 0/0:38 0/0:21 0/0:15 0/0:35 0/0:42 0/0:1 0/0:31 0/0:1 0/0:94 0/0:246 0/0:325 0/0:14 0/0:80 0/0:3 0/0:1 0/0:3 0/0:586 0/0:4 0/0:451 0/0:233 0/0:467 1 10424956 . A G . 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PASS AA=T;AC=11;AN=94;DP=2392;HM2;HM3;reflink.geneName=82383;refseq.changesAA=true;refseq.functionalClass=missense;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP ./.:1 ./.:0 0/0:139 ./.:0 ./.:0 0/0:17 0/0:15 0/0:33 0/0:73 0/0:77 1/0:28 0/0:87 ./.:0 ./.:0 0/0:108 0/0:6 0/0:116 0/0:124 ./.:0 ./.:0 ./.:0 1/1:13 1/1:42 0/0:8 0/0:142 0/0:60 1/0:89 1/1:97 ./.:0 0/0:70 ./.:1 ./.:1 ./.:0 0/0:33 ./.:0 0/0:147 ./.:1 0/0:31 0/0:5 0/0:92 ./.:2 0/0:23 ./.:1 ./.:2 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:2 ./.:1 0/0:32 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:11 0/0:6 1/0:34 ./.:0 0/0:50 ./.:1 ./.:1 0/0:51 ./.:0 ./.:1 0/0:4 0/0:24 0/0:8 ./.:1 ./.:0 1/0:4 ./.:0 ./.:1 ./.:0 0/0:32 0/0:24 ./.:0 1/0:3 ./.:0 0/0:18 ./.:11 ./.:3 0/0:14 0/0:11 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:86 0/0:4 0/0:65 0/0:65 0/0:140 1 17786644 rs34417109 G A . PASS AA=G;AC=13;AN=172;DP=7300;dbsnp.avHeSE=0.115276;dbsnp.avHet=0.028163;dbsnp.bin=720;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=17786644;dbsnp.chromStart=17786644;dbsnp.chrpos=1:17786644;dbsnp.class=single;dbsnp.func=missense;dbsnp.haplotypeAlternate=A/G;dbsnp.haplotypeReference=G;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs34417109;dbsnp.observed=A/G;dbsnp.refNCBI=G;dbsnp.refUCSC=G;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-1000genomes;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=86118;refseq.changesAA_1=true;refseq.changesAA_2=true;refseq.functionalClass_1=missense;refseq.functionalClass_2=missense;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:11 0/0:3 0/0:214 0/0:9 0/0:8 0/0:27 1/0:28 1/0:62 0/0:214 0/0:164 1/0:223 0/0:220 0/0:14 1/0:8 0/0:222 0/0:43 1/0:214 0/0:207 0/0:5 0/0:12 0/0:2 0/0:24 0/0:162 0/0:52 0/0:218 0/0:320 1/0:231 0/0:182 0/0:2 0/0:209 0/0:5 0/0:82 ./.:0 0/0:114 0/0:10 0/0:238 1/0:12 0/0:102 0/0:89 0/0:201 0/0:2 0/0:61 0/0:3 0/0:31 0/0:21 ./.:4 0/0:1 0/0:49 0/0:28 0/0:60 0/0:10 ./.:0 0/0:5 0/0:36 0/0:31 0/0:244 0/0:10 0/0:182 0/0:19 0/0:20 0/0:198 0/0:35 0/0:18 0/0:11 0/0:115 0/0:40 0/0:13 0/0:18 1/0:21 0/0:2 0/0:33 0/0:10 0/0:77 1/0:43 ./.:0 0/0:20 0/0:5 1/0:109 0/0:149 0/0:54 0/0:19 1/0:51 0/0:3 0/0:3 0/0:4 0/0:516 1/0:4 0/0:250 1/0:153 0/0:346 1 17786709 rs35497285 G A . PASS AA=G;AC=14;AN=170;DP=5656;dbsnp.avHeSE=0.20361;dbsnp.avHet=0.104938;dbsnp.bin=720;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=17786709;dbsnp.chromStart=17786709;dbsnp.chrpos=1:17786709;dbsnp.class=single;dbsnp.func=missense;dbsnp.haplotypeAlternate=A/G;dbsnp.haplotypeReference=G;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs35497285;dbsnp.observed=A/G;dbsnp.refNCBI=G;dbsnp.refUCSC=G;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-frequency,by-1000genomes;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=86118;refseq.changesAA_1=true;refseq.changesAA_2=true;refseq.functionalClass_1=missense;refseq.functionalClass_2=missense;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 1/0:14 0/0:3 0/0:212 0/0:10 1/0:6 0/0:6 0/0:18 0/0:46 0/0:194 0/0:163 0/0:166 0/0:43 0/0:17 0/0:4 1/0:216 0/0:40 0/0:205 0/0:195 0/0:7 0/0:14 1/0:3 1/0:9 0/0:130 0/0:50 0/0:201 0/0:212 0/0:228 0/0:179 0/0:9 0/0:191 0/0:6 0/0:70 ./.:0 0/0:29 1/0:10 0/0:255 0/0:11 0/0:32 0/0:94 0/0:190 ./.:1 0/0:23 0/0:3 0/0:31 0/0:43 0/0:4 0/0:2 1/0:60 1/0:31 0/0:28 0/0:8 ./.:0 0/0:8 0/0:18 0/0:8 0/0:108 0/0:8 1/0:77 0/0:16 1/0:21 0/0:94 0/0:33 1/0:18 1/0:25 0/0:93 0/0:19 0/0:18 0/0:14 0/0:22 0/0:4 0/0:30 1/0:23 0/0:17 0/0:16 ./.:0 0/0:18 0/0:4 0/0:37 0/0:83 0/0:43 0/0:11 0/0:39 0/0:2 ./.:3 0/0:4 0/0:399 0/0:5 0/0:199 0/0:107 1/0:290 1 17801259 . G C . PASS AA=G;AC=1;AN=146;DP=2636;reflink.geneName=86118;refseq.changesAA_1=true;refseq.changesAA_2=true;refseq.functionalClass_1=missense;refseq.functionalClass_2=missense;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:15 0/0:2 0/0:97 0/0:4 0/0:2 0/0:26 0/0:24 0/0:28 0/0:56 0/0:63 0/0:27 0/0:121 ./.:0 0/0:9 0/0:84 ./.:0 0/0:97 0/0:83 0/0:1 ./.:0 0/0:2 0/0:16 0/0:49 0/0:8 0/0:97 0/0:44 0/0:100 0/0:81 0/0:5 0/0:73 0/0:3 ./.:0 ./.:0 0/0:82 ./.:1 0/0:94 0/0:6 0/0:56 0/0:3 0/0:68 0/0:4 0/0:44 ./.:0 ./.:0 0/0:3 ./.:0 ./.:0 0/0:4 ./.:0 0/0:49 0/0:6 ./.:0 0/0:5 0/0:29 0/0:17 0/0:124 0/0:1 0/0:134 0/0:9 0/0:12 0/0:152 ./.:0 0/0:4 0/0:1 0/0:17 0/0:32 0/0:2 0/0:2 0/0:17 ./.:0 1/0:16 0/0:1 0/0:38 0/0:27 ./.:0 0/0:13 0/0:1 0/0:38 0/0:12 0/0:4 0/0:6 0/0:8 0/0:1 ./.:1 0/0:3 0/0:102 ./.:1 0/0:42 0/0:49 0/0:78 1 17822149 rs55693639 C T . PASS AA=C;AC=1;AN=162;DP=6178;dbsnp.avHeSE=0;dbsnp.avHet=0;dbsnp.bin=720;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=17822149;dbsnp.chromStart=17822149;dbsnp.chrpos=1:17822149;dbsnp.class=single;dbsnp.func=coding-synon;dbsnp.haplotypeAlternate=C/T;dbsnp.haplotypeReference=C;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs55693639;dbsnp.observed=C/T;dbsnp.refNCBI=C;dbsnp.refUCSC=C;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=unknown;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=86118;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:2 0/0:7 0/0:190 0/0:3 0/0:1 0/0:25 0/0:24 0/1:65 0/0:194 0/0:119 0/0:209 0/0:254 ./.:0 0/0:13 0/0:166 0/0:35 0/0:212 0/0:165 0/0:3 0/0:2 0/0:3 0/0:25 0/0:159 0/0:33 0/0:179 0/0:298 0/0:179 0/0:166 0/0:4 0/0:136 0/0:7 0/0:69 0/0:2 0/0:98 ./.:0 0/0:224 ./.:0 0/0:102 0/0:88 0/0:162 0/0:3 0/0:57 ./.:0 0/0:2 0/0:13 ./.:0 ./.:0 0/0:5 0/0:2 0/0:60 0/0:5 0/0:2 0/0:4 0/0:29 0/0:30 0/0:138 ./.:0 0/0:188 0/0:7 0/0:14 0/0:194 0/0:3 0/0:6 0/0:2 0/0:129 0/0:39 0/0:2 0/0:2 0/0:14 0/0:2 0/0:12 0/0:2 0/0:55 0/0:56 ./.:1 0/0:11 0/0:3 0/0:94 0/0:152 0/0:49 0/0:21 0/0:39 0/0:2 0/0:1 0/0:2 0/0:445 ./.:5 0/0:207 0/0:139 0/0:307 1 17833932 rs34725104 C T . PASS AA=C;AC=15;AN=136;DP=4240;dbsnp.avHeSE=0.215294;dbsnp.avHet=0.122922;dbsnp.bin=721;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=17833932;dbsnp.chromStart=17833932;dbsnp.chrpos=1:17833932;dbsnp.class=single;dbsnp.func=coding-synon;dbsnp.haplotypeAlternate=C/T;dbsnp.haplotypeReference=C;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs34725104;dbsnp.observed=C/T;dbsnp.refNCBI=C;dbsnp.refUCSC=C;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-frequency;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=86118;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP ./.:0 0/0:3 0/0:192 0/0:4 0/0:2 0/1:16 0/0:17 0/1:35 0/0:144 1/1:118 0/0:134 0/0:149 0/0:1 0/0:7 0/0:157 ./.:0 0/0:195 0/0:180 ./.:0 ./.:1 ./.:0 0/0:18 0/0:105 0/1:25 0/0:194 0/0:161 0/0:162 0/1:152 0/1:2 0/1:123 0/0:4 0/0:14 0/1:2 0/0:78 ./.:0 0/0:205 0/0:1 0/0:42 0/1:12 0/1:118 0/0:1 0/0:48 ./.:0 0/0:2 0/0:3 ./.:0 ./.:0 ./.:4 0/0:3 0/0:41 0/0:1 ./.:0 ./.:0 0/0:32 0/1:10 0/0:98 ./.:1 0/0:125 0/0:7 0/0:3 0/0:150 0/0:3 0/0:3 ./.:2 0/0:36 0/0:28 ./.:4 0/0:1 0/0:15 ./.:0 0/1:10 0/0:2 0/1:39 0/1:32 0/0:1 0/0:8 ./.:0 0/0:67 0/0:37 0/0:15 ./.:13 0/0:6 ./.:0 ./.:1 ./.:1 0/0:201 ./.:6 0/0:121 0/0:65 0/0:221 1 17853771 rs35255680 A C . 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PASS AA=C;AC=156;AN=156;DP=4208;dbsnp.avHeSE=0;dbsnp.avHet=0;dbsnp.bin=721;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=17863639;dbsnp.chromStart=17863639;dbsnp.chrpos=1:17863639;dbsnp.class=single;dbsnp.func=missense;dbsnp.haplotypeAlternate=C/T;dbsnp.haplotypeReference=T;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs6695710;dbsnp.observed=C/T;dbsnp.refNCBI=T;dbsnp.refUCSC=T;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-cluster,by-1000genomes;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=86118;refseq.changesAA_1=true;refseq.changesAA_2=true;refseq.functionalClass_1=missense;refseq.functionalClass_2=missense;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP ./.:0 1/1:5 1/1:213 1/1:9 1/1:5 1/1:8 1/1:8 1/1:50 1/1:146 1/1:160 1/1:107 1/1:50 1/1:1 1/1:2 1/1:170 1/1:4 1/1:215 1/1:193 ./.:1 ./.:0 1/1:1 1/1:10 1/1:103 1/1:19 1/1:206 1/1:146 1/1:171 1/1:177 ./.:2 1/1:175 1/1:8 1/1:12 ./.:1 1/1:23 1/1:5 1/1:232 1/1:7 1/1:17 1/1:17 1/1:124 1/1:6 1/1:26 ./.:0 1/1:1 1/1:2 ./.:0 ./.:0 1/1:1 1/1:1 1/1:13 1/1:2 ./.:1 1/1:5 1/1:13 1/1:7 1/1:28 ./.:0 1/1:32 1/1:7 1/1:10 1/1:62 1/1:3 1/1:1 1/1:2 1/1:71 1/1:13 1/1:1 1/1:2 1/1:13 ./.:0 1/1:9 1/1:1 1/1:22 1/1:23 1/1:3 1/1:9 1/1:4 1/1:7 1/1:53 1/1:19 1/1:17 1/1:11 ./.:0 1/1:2 1/1:4 1/1:329 1/1:4 1/1:164 1/1:128 1/1:273 1 17886690 . C T . PASS AA=C;AC=1;AN=148;DP=8562;reflink.geneName=86118;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:7 0/0:9 0/0:283 0/0:5 0/0:10 0/1:35 0/0:38 0/0:59 0/0:265 0/0:203 0/0:251 0/0:418 ./.:0 ./.:10 0/0:248 0/0:18 0/0:279 0/0:309 0/0:6 ./.:0 0/0:3 0/0:69 0/0:231 0/0:54 0/0:275 0/0:347 0/0:270 0/0:252 0/0:5 0/0:246 0/0:7 0/0:35 ./.:0 0/0:241 0/0:9 0/0:294 0/0:12 0/0:160 0/0:52 0/0:186 0/0:3 0/0:133 ./.:0 0/0:1 0/0:1 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:100 0/0:8 0/0:9 0/0:8 0/0:60 0/0:41 0/0:296 ./.:0 0/0:331 0/0:15 0/0:21 0/0:355 ./.:0 ./.:0 0/0:2 0/0:83 0/0:88 0/0:1 ./.:0 0/0:24 ./.:0 0/0:15 0/0:1 0/0:145 0/0:97 0/0:7 0/0:11 0/0:2 0/0:138 0/0:86 0/0:24 0/0:21 0/0:14 ./.:0 ./.:0 0/0:4 0/0:505 0/0:10 0/0:186 0/0:145 0/0:370 1 18022097 rs694214 G T . PASS AA=G;AC=77;AN=164;DP=6780;HM2;HM3;reflink.geneName=82902;refseq.changesAA=true;refseq.functionalClass=missense;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 1/1:46 0/1:22 1/1:246 0/0:41 0/1:22 0/0:34 1/1:15 0/1:39 1/1:182 0/1:174 0/1:181 0/1:82 ./.:3 ./.:3 0/1:226 0/1:42 1/1:252 0/1:265 1/1:10 0/1:9 1/1:21 0/1:16 0/0:139 0/1:38 0/1:238 0/1:199 0/1:213 0/1:241 1/1:23 0/0:204 0/0:13 0/0:83 0/1:12 1/1:55 0/1:45 0/0:286 0/1:31 0/0:79 0/0:162 1/1:128 0/1:15 0/1:54 ./.:0 0/1:8 0/0:11 0/1:3 0/1:9 0/1:11 0/1:8 0/0:25 0/0:21 0/1:14 0/1:27 0/1:18 0/1:8 0/1:124 ./.:1 1/1:120 0/0:20 0/1:115 0/1:153 1/1:10 0/1:10 0/1:7 0/0:119 0/1:22 ./.:3 0/1:10 0/1:22 ./.:3 0/0:34 0/1:6 1/1:18 0/0:26 0/1:10 0/0:16 0/1:20 0/0:80 0/1:91 0/1:45 0/1:13 0/1:54 ./.:1 1/1:9 0/0:22 0/1:574 ./.:11 0/1:220 0/1:105 0/1:334 1 18022150 . C T . PASS AA=C;AC=1;AN=178;DP=9647;reflink.geneName=82902;refseq.changesAA=false;refseq.functionalClass=silent;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:51 0/0:25 0/0:260 0/0:45 0/0:23 0/0:40 0/0:25 0/0:65 0/0:281 0/0:217 0/0:306 0/0:215 0/0:8 0/0:13 0/0:255 0/0:94 0/0:292 0/0:292 0/0:14 0/0:8 0/0:28 0/0:29 0/0:253 0/0:66 0/0:274 0/0:419 0/0:229 0/0:258 0/1:26 0/0:248 0/0:13 0/0:160 0/0:18 0/0:80 0/0:48 0/0:314 0/0:35 0/0:135 0/0:245 0/0:171 0/0:17 0/0:85 ./.:0 0/0:7 0/0:20 0/0:6 0/0:3 0/0:16 0/0:6 0/0:67 0/0:26 0/0:17 0/0:31 0/0:38 0/0:30 0/0:190 0/0:1 0/0:204 0/0:21 0/0:121 0/0:245 0/0:15 0/0:13 0/0:5 0/0:168 0/0:56 0/0:5 0/0:4 0/0:23 0/0:2 0/0:33 0/0:10 0/0:47 0/0:57 0/0:11 0/0:13 0/0:20 0/0:118 0/0:178 0/0:84 0/0:14 0/0:80 0/0:3 0/0:16 0/0:24 0/0:974 0/0:11 0/0:338 0/0:148 0/0:448 1 18022153 rs2296035 C A . PASS AA=C;AC=85;AN=172;DP=9793;HM2;HM3;dbsnp.avHeSE=0.026547;dbsnp.avHet=0.498586;dbsnp.bin=722;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=18022153;dbsnp.chromStart=18022153;dbsnp.chrpos=1:18022153;dbsnp.class=single;dbsnp.func=coding-synon;dbsnp.haplotypeAlternate=A/C;dbsnp.haplotypeReference=C;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs2296035;dbsnp.observed=A/C;dbsnp.refNCBI=C;dbsnp.refUCSC=C;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-cluster,by-frequency,by-submitter,by-2hit-2allele,by-hapmap,by-1000genomes;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=82902;refseq.changesAA=false;refseq.functionalClass=silent;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 1/1:52 1/0:25 1/1:256 0/0:46 1/0:23 0/0:38 1/1:19 1/0:63 1/1:283 1/1:210 1/0:326 1/0:228 0/0:8 1/1:14 1/1:252 1/0:94 1/1:281 1/0:294 1/1:13 1/0:8 1/1:27 1/1:29 0/0:270 1/0:65 1/0:271 1/0:432 1/0:233 1/0:258 1/1:26 1/0:243 0/0:13 0/0:166 1/0:18 1/1:83 1/0:50 0/0:318 1/0:35 0/0:140 0/0:251 1/1:165 1/0:16 1/0:89 ./.:0 1/0:7 0/0:21 1/0:6 1/0:3 1/0:13 1/0:6 0/0:68 0/0:28 1/0:18 1/0:33 1/0:37 1/0:30 1/0:180 ./.:2 1/1:217 1/0:21 1/0:124 1/0:254 1/1:15 1/0:14 1/0:7 0/0:179 1/0:61 0/0:6 0/0:5 1/0:23 ./.:2 0/0:34 1/0:9 1/1:47 0/0:59 1/0:11 1/0:15 1/0:21 0/0:121 1/0:192 1/1:84 1/0:15 1/0:84 ./.:3 1/1:16 0/0:23 1/0:1004 0/0:11 1/0:344 1/0:143 1/0:446 1 18022200 rs55738309 C A . PASS AA=C;AC=1;AN=178;DP=12293;dbsnp.avHeSE=0;dbsnp.avHet=0;dbsnp.bin=722;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=18022200;dbsnp.chromStart=18022200;dbsnp.chrpos=1:18022200;dbsnp.class=single;dbsnp.func=missense;dbsnp.haplotypeAlternate=A/C;dbsnp.haplotypeReference=C;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs55738309;dbsnp.observed=A/C;dbsnp.refNCBI=C;dbsnp.refUCSC=C;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=unknown;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=82902;refseq.changesAA=true;refseq.functionalClass=missense;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:55 0/0:31 0/0:305 0/0:47 0/0:24 0/0:51 0/0:33 1/0:81 0/0:381 0/0:265 0/0:420 0/0:318 0/0:4 0/0:13 0/0:310 0/0:129 0/0:308 0/0:342 0/0:12 0/0:10 0/0:28 0/0:39 0/0:375 0/0:84 0/0:306 0/0:602 0/0:313 0/0:295 0/0:27 0/0:297 0/0:8 0/0:167 0/0:19 0/0:154 0/0:48 0/0:341 0/0:37 0/0:169 0/0:260 0/0:269 0/0:19 0/0:114 0/0:5 0/0:13 0/0:31 0/0:7 ./.:0 0/0:18 0/0:20 0/0:79 0/0:28 0/0:24 0/0:34 0/0:45 0/0:42 0/0:261 0/0:4 0/0:302 0/0:23 0/0:119 0/0:329 0/0:15 0/0:20 0/0:19 0/0:221 0/0:62 0/0:21 0/0:9 0/0:29 0/0:2 0/0:35 0/0:14 0/0:86 0/0:68 0/0:11 0/0:18 0/0:24 0/0:124 0/0:249 0/0:101 0/0:27 0/0:114 0/0:4 0/0:18 0/0:27 0/0:1308 0/0:22 0/0:440 0/0:190 0/0:521 1 18022253 rs61748634 A G . 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PASS AA=C;AC=37;AN=172;DP=7261;HM2;HM3;reflink.geneName=82902;refseq.changesAA=false;refseq.functionalClass=silent;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/1:18 0/1:10 0/1:214 0/0:15 0/0:4 0/0:16 0/0:18 0/1:107 0/0:261 0/1:132 0/0:278 0/1:95 0/0:4 ./.:3 1/1:169 0/0:74 0/0:229 0/0:229 0/0:3 0/0:12 0/1:8 0/0:23 0/0:252 0/0:43 0/1:200 0/1:379 0/1:192 0/0:204 0/1:7 0/0:187 0/0:3 0/1:103 0/1:4 0/0:70 0/0:16 0/1:205 0/1:14 0/1:57 0/0:143 0/1:162 0/1:6 0/1:37 0/0:7 0/1:17 0/0:23 0/1:7 ./.:0 1/1:11 0/0:21 0/0:31 0/0:13 0/0:5 0/0:13 0/0:26 0/0:10 0/0:83 0/0:8 0/0:140 0/0:13 0/0:48 0/0:129 0/1:20 0/1:9 0/0:4 0/1:159 0/0:19 0/1:3 0/0:5 0/1:19 ./.:1 0/0:17 0/0:5 0/0:36 0/0:18 0/0:11 0/1:12 0/0:11 0/0:63 0/1:146 0/1:83 0/1:18 0/0:67 0/0:2 0/0:7 ./.:2 0/1:898 0/0:5 0/1:304 0/0:141 0/1:365 1 20865406 rs631357 G C . PASS AA=C;AC=131;AN=168;DP=5808;HM2;dbsnp.avHeSE=0.182853;dbsnp.avHet=0.420484;dbsnp.bin=744;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=20865406;dbsnp.chromStart=20865406;dbsnp.chrpos=1:20865406;dbsnp.class=single;dbsnp.func=missense;dbsnp.haplotypeAlternate=C/G;dbsnp.haplotypeReference=G;dbsnp.haplotypeStrand=-;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs631357;dbsnp.observed=C/G;dbsnp.refNCBI=G;dbsnp.refUCSC=G;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=-;dbsnp.valid=by-cluster,by-frequency,by-submitter,by-2hit-2allele,by-hapmap,by-1000genomes;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=86144;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 1/0:57 1/1:11 1/1:201 1/1:27 1/0:15 1/0:28 1/0:30 1/1:60 1/1:143 1/0:151 1/1:121 0/0:129 1/1:15 1/1:7 1/1:146 1/0:43 0/0:238 1/0:235 ./.:5 1/1:10 1/1:14 1/1:20 1/1:105 1/1:20 1/1:181 1/1:141 1/0:164 1/1:165 1/0:12 1/0:193 1/1:9 1/0:82 1/0:9 1/1:64 1/0:21 1/1:212 1/1:18 1/1:72 1/1:82 1/0:129 1/1:9 1/0:48 1/0:6 0/0:6 1/1:46 1/0:3 ./.:0 1/0:26 1/0:17 1/1:26 1/1:33 1/0:63 1/0:28 1/1:29 1/1:23 1/0:124 1/1:5 1/1:100 1/0:6 1/0:82 1/1:168 1/0:15 1/1:11 1/1:18 ./.:65 1/1:50 1/1:9 1/0:12 1/0:15 ./.:1 1/1:16 1/0:7 1/1:43 1/1:27 1/1:18 1/1:13 1/1:7 1/1:54 1/0:105 1/1:48 ./.:17 1/0:41 1/1:4 1/1:4 1/1:22 1/1:360 ./.:4 1/1:159 1/1:107 1/0:323 1 20883933 rs12028811 A G . PASS AA=G;AC=11;AN=118;DP=4688;dbsnp.avHeSE=0.228787;dbsnp.avHet=0.35078;dbsnp.bin=744;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=20883933;dbsnp.chromStart=20883933;dbsnp.chrpos=1:20883933;dbsnp.class=single;dbsnp.func=coding-synon;dbsnp.haplotypeAlternate=A/G;dbsnp.haplotypeReference=A;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs12028811;dbsnp.observed=A/G;dbsnp.refNCBI=A;dbsnp.refUCSC=A;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-cluster,by-frequency,by-2hit-2allele,by-1000genomes;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=86144;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP ./.:9 0/0:3 0/1:168 0/0:5 0/0:4 0/0:23 0/1:34 ./.:38 0/0:99 0/0:95 0/0:72 0/0:324 ./.:0 0/0:10 0/0:155 0/1:3 0/0:194 0/1:177 ./.:2 ./.:1 ./.:3 0/0:47 0/1:34 0/0:19 0/0:200 0/1:47 0/1:174 0/0:171 ./.:0 0/0:113 0/0:6 0/0:4 ./.:1 0/0:118 ./.:2 0/0:188 ./.:2 0/0:138 0/0:7 0/0:144 0/0:3 0/0:63 ./.:2 0/0:4 0/0:5 ./.:1 ./.:0 0/0:4 ./.:0 0/0:64 ./.:1 ./.:3 0/0:3 0/1:34 0/0:46 0/1:164 ./.:1 0/0:197 0/0:8 0/0:14 0/0:267 0/0:3 ./.:1 ./.:1 0/0:42 0/0:64 ./.:0 ./.:0 0/0:17 ./.:0 0/0:18 ./.:0 0/0:76 0/0:58 ./.:0 0/0:15 ./.:2 0/0:72 0/1:29 ./.:9 0/0:10 ./.:0 ./.:1 ./.:2 ./.:3 0/0:121 ./.:8 0/1:108 0/0:98 0/0:212 1 20883942 rs61750850 T C . PASS AA=C;AC=6;AN=154;DP=4778;reflink.geneName=86144;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:10 0/0:3 0/0:172 1/0:5 0/0:5 0/0:24 0/0:35 0/0:39 0/0:105 1/0:86 0/0:76 0/0:313 ./.:0 1/0:11 0/0:154 0/0:3 1/0:196 0/0:186 0/0:2 0/0:2 0/0:3 0/0:45 0/0:35 0/0:20 0/0:195 0/0:56 0/0:185 0/0:162 ./.:0 0/0:107 0/0:6 0/0:5 0/0:1 0/0:135 0/0:2 0/0:195 0/0:2 0/0:154 ./.:7 0/0:146 0/0:3 0/0:68 0/0:2 0/0:3 0/0:7 0/0:1 ./.:0 0/0:5 ./.:0 1/0:67 0/0:1 0/0:3 0/0:4 0/0:32 0/0:48 0/0:166 ./.:0 0/0:196 1/0:9 0/0:14 0/0:278 0/0:3 0/0:1 0/0:1 0/0:47 0/0:67 ./.:0 ./.:0 0/0:15 0/0:1 0/0:18 ./.:0 0/0:73 0/0:55 ./.:0 0/0:15 0/0:2 0/0:69 0/0:30 0/0:10 ./.:8 ./.:1 0/0:1 ./.:2 0/0:3 0/0:126 0/0:8 0/0:109 0/0:101 0/0:217 1 20886885 rs41265077 C T . PASS AA=C;AC=1;AN=180;DP=9779;dbsnp.avHeSE=0;dbsnp.avHet=0;dbsnp.bin=744;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=20886885;dbsnp.chromStart=20886885;dbsnp.chrpos=1:20886885;dbsnp.class=single;dbsnp.func=coding-synon;dbsnp.haplotypeAlternate=C/T;dbsnp.haplotypeReference=C;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs41265077;dbsnp.observed=C/T;dbsnp.refNCBI=C;dbsnp.refUCSC=C;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=unknown;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=86144;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:42 0/0:24 0/0:245 0/0:48 0/0:16 0/0:32 0/0:16 0/0:102 0/0:282 0/0:211 0/0:334 0/0:94 0/0:32 0/0:13 0/0:223 0/0:134 0/0:291 0/0:310 0/0:12 0/0:30 0/0:31 0/0:17 0/1:162 0/0:63 0/0:251 0/0:370 0/0:248 0/0:272 0/0:17 0/0:251 0/0:12 0/0:129 0/0:14 0/0:92 0/0:45 0/0:307 0/0:49 0/0:87 0/0:140 0/0:200 0/0:9 0/0:42 0/0:9 0/0:83 0/0:143 0/0:20 0/0:3 0/0:80 0/0:40 0/0:32 0/0:47 0/0:31 0/0:46 0/0:16 0/0:13 0/0:92 0/0:37 0/0:156 0/0:35 0/0:137 0/0:152 0/0:72 0/0:20 0/0:27 0/0:202 0/0:31 0/0:15 0/0:21 0/0:21 0/0:19 0/0:34 0/0:27 0/0:34 0/0:26 0/0:9 0/0:21 0/0:29 0/0:68 0/0:225 0/0:171 0/0:26 0/0:78 0/0:21 0/0:19 0/0:11 0/0:1008 0/0:8 0/0:399 0/0:152 0/0:514 1 20897488 rs522496 C T . 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PASS AA=T;AC=15;AN=170;DP=11054;HM2;HM3;dbsnp.avHeSE=0.249961;dbsnp.avHet=0.254388;dbsnp.bin=744;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=20903629;dbsnp.chromStart=20903629;dbsnp.chrpos=1:20903629;dbsnp.class=single;dbsnp.func=missense;dbsnp.haplotypeAlternate=C/T;dbsnp.haplotypeReference=T;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs2296225;dbsnp.observed=C/T;dbsnp.refNCBI=T;dbsnp.refUCSC=T;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-cluster,by-frequency,by-hapmap;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=86144;refseq.changesAA_1=true;refseq.changesAA_2=true;refseq.functionalClass_1=missense;refseq.functionalClass_2=missense;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:39 0/0:16 0/0:339 0/0:19 0/0:8 0/0:24 1/1:25 1/0:103 0/0:456 0/0:255 0/0:524 1/0:97 0/0:6 0/0:18 0/0:249 0/0:63 1/0:307 0/0:361 1/0:7 0/0:4 0/0:14 0/0:13 0/0:382 0/0:89 1/0:313 0/0:689 0/0:298 0/0:312 0/0:10 1/0:265 1/0:9 0/0:181 0/0:3 0/0:59 0/0:12 0/0:340 0/0:18 0/0:74 0/0:261 0/0:218 0/0:9 1/0:43 ./.:0 0/0:8 0/0:10 ./.:1 ./.:0 0/0:5 0/0:6 0/0:32 0/0:16 0/0:29 1/0:20 0/0:31 0/0:22 0/0:146 0/0:5 0/0:146 0/0:8 0/0:55 0/0:230 0/0:7 0/0:5 ./.:1 0/0:247 0/0:41 0/0:5 0/0:7 0/0:32 0/0:5 1/0:31 0/0:6 0/0:53 0/0:30 0/0:18 1/0:19 0/0:9 0/0:73 0/0:210 0/0:135 0/0:57 1/0:65 0/0:8 0/0:9 ./.:16 0/0:1425 1/0:14 0/0:455 0/0:201 0/0:568 1 20903633 rs2296226 C T . PASS AA=C;AC=10;AN=170;DP=11091;dbsnp.avHeSE=0.249881;dbsnp.avHet=0.242275;dbsnp.bin=744;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=20903633;dbsnp.chromStart=20903633;dbsnp.chrpos=1:20903633;dbsnp.class=single;dbsnp.func=coding-synon;dbsnp.haplotypeAlternate=C/T;dbsnp.haplotypeReference=C;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs2296226;dbsnp.observed=C/T;dbsnp.refNCBI=C;dbsnp.refUCSC=C;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-cluster,by-frequency;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=86144;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:39 0/0:16 0/1:338 0/0:19 0/0:8 0/0:26 0/0:30 0/1:110 0/0:468 0/0:256 0/0:527 0/0:88 0/0:4 0/0:20 0/0:252 0/0:59 0/0:310 0/1:359 0/0:7 0/0:4 0/0:14 0/0:16 0/1:385 0/0:94 0/0:320 0/0:700 0/0:292 0/0:314 0/0:10 0/0:263 0/0:9 0/0:184 0/0:3 0/0:56 0/0:12 0/0:336 0/0:17 0/0:64 0/0:259 0/0:221 0/0:9 0/0:51 ./.:0 0/0:8 0/0:10 ./.:1 ./.:0 ./.:3 0/0:4 0/0:34 0/1:17 0/0:30 0/0:20 0/0:30 0/0:19 0/1:148 0/0:5 0/0:152 0/0:8 0/1:56 0/0:213 0/0:7 0/0:5 ./.:1 0/0:258 0/0:35 0/0:5 0/0:7 0/0:32 0/0:4 0/0:31 0/0:4 0/0:49 0/0:32 0/0:18 0/0:19 0/0:9 0/0:67 0/1:211 0/0:136 0/0:56 0/1:65 0/0:8 0/0:9 0/0:16 0/0:1435 0/0:14 0/1:465 0/0:200 0/0:566 1 20908852 rs33996125 C T . PASS AA=C;AC=2;AN=176;DP=10763;dbsnp.avHeSE=0.149956;dbsnp.avHet=0.049967;dbsnp.bin=744;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=20908852;dbsnp.chromStart=20908852;dbsnp.chrpos=1:20908852;dbsnp.class=single;dbsnp.func=coding-synon;dbsnp.haplotypeAlternate=C/T;dbsnp.haplotypeReference=C;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs33996125;dbsnp.observed=C/T;dbsnp.refNCBI=C;dbsnp.refUCSC=C;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-cluster,by-frequency,by-1000genomes;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=86144;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:19 0/0:20 0/0:353 0/0:29 0/0:7 0/0:37 0/0:24 0/0:76 0/0:359 0/0:285 0/0:446 0/0:175 0/0:1 0/0:24 0/0:348 0/0:89 0/0:354 0/0:366 0/0:4 0/0:1 0/0:14 0/0:42 0/0:305 0/0:98 0/0:349 0/0:684 0/0:316 0/0:331 0/0:14 0/0:332 0/0:8 0/0:153 0/0:13 0/0:78 0/0:32 0/0:364 0/0:29 0/0:115 0/0:203 0/0:285 0/0:9 0/0:73 0/0:1 0/0:4 0/0:10 0/0:2 ./.:0 0/0:9 0/0:4 0/0:57 0/0:17 0/0:39 0/0:25 0/0:65 0/0:37 0/0:230 0/0:3 0/0:213 0/0:16 0/1:75 0/0:308 0/0:3 0/0:5 0/0:6 0/0:181 0/0:84 0/0:2 0/0:5 0/0:18 ./.:0 0/0:22 0/0:2 0/0:73 0/0:49 0/0:13 0/0:17 0/0:12 0/0:87 0/0:136 0/0:84 0/0:45 0/0:93 0/0:6 0/0:3 0/0:12 0/0:727 0/0:21 0/0:365 0/1:167 0/0:546 1 20916748 rs601329 A G . PASS AA=G;AC=31;AN=50;DP=503;reflink.geneName=86144;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP ./.:0 ./.:0 1/1:31 ./.:0 ./.:0 0/1:2 ./.:1 1/1:12 0/1:20 0/1:13 ./.:3 0/1:11 ./.:0 ./.:0 0/1:39 ./.:0 0/1:26 1/1:29 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:3 ./.:1 ./.:2 1/1:36 ./.:0 0/1:19 0/1:27 ./.:0 ./.:2 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/1:5 ./.:0 1/1:29 ./.:0 ./.:3 ./.:1 1/1:19 ./.:0 1/1:5 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/1:3 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:1 ./.:0 ./.:0 ./.:3 ./.:0 ./.:0 0/1:4 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:6 ./.:1 ./.:0 ./.:0 ./.:1 ./.:0 ./.:1 ./.:0 0/1:4 0/1:3 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:1 ./.:0 0/1:3 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:1 0/0:44 ./.:3 1/1:11 0/1:21 0/0:53 1 25442668 rs1043879 T C . PASS AA=t;AC=43;AN=176;DP=7206;HM2;HM3;reflink.geneName=77753;refseq.changesAA=true;refseq.functionalClass=missense;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:41 0/0:5 0/0:54 0/0:99 0/0:17 1/1:36 0/0:49 1/0:85 0/0:92 0/0:62 0/0:176 1/0:304 1/0:42 0/0:98 0/0:65 0/0:75 1/0:53 1/0:120 0/0:10 0/0:40 1/0:30 0/0:49 1/0:70 0/0:32 0/0:46 0/0:101 0/0:77 1/1:58 1/1:19 0/0:76 0/0:13 0/0:79 0/0:17 1/0:193 0/0:60 0/0:58 0/0:144 0/0:307 1/0:70 1/1:42 0/0:5 0/0:69 1/0:50 1/0:100 0/0:65 1/1:60 1/0:43 0/0:98 1/0:47 1/0:39 1/0:125 0/0:24 0/0:106 0/0:27 1/0:34 1/0:238 0/0:29 0/0:245 0/0:15 1/0:85 1/0:171 0/0:74 1/1:12 0/0:21 1/0:161 0/0:53 1/0:12 0/0:20 1/0:8 0/0:2 0/0:36 ./.:0 0/0:36 1/0:46 1/1:16 1/0:39 0/0:5 0/0:109 0/0:147 1/0:274 ./.:2 0/0:61 1/0:10 0/0:2 1/0:10 0/0:397 1/0:6 0/0:368 1/0:170 0/0:370 1 25445571 rs34484514 T G . PASS AA=t;AC=7;AN=174;DP=9870;dbsnp.avHeSE=0.116832;dbsnp.avHet=0.028979;dbsnp.bin=779;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=25445571;dbsnp.chromStart=25445571;dbsnp.chrpos=1:25445571;dbsnp.class=single;dbsnp.func=missense;dbsnp.haplotypeAlternate=G/T;dbsnp.haplotypeReference=T;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs34484514;dbsnp.observed=G/T;dbsnp.refNCBI=T;dbsnp.refUCSC=T;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-cluster;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=77753;refseq.changesAA=false;refseq.functionalClass=silent;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:8 0/0:6 0/0:303 0/0:8 0/0:9 0/0:36 0/0:35 0/0:88 0/0:335 0/0:268 0/0:230 0/0:342 0/0:37 0/0:16 1/0:246 0/0:66 0/0:290 0/0:299 0/0:2 0/0:34 0/0:2 0/0:27 0/0:238 0/0:87 0/0:286 0/0:367 0/0:282 0/0:282 0/0:6 0/0:247 0/0:13 0/0:78 0/0:3 0/0:102 ./.:3 1/0:311 0/0:12 0/0:228 0/0:104 0/0:260 0/0:5 0/0:69 0/0:15 0/0:117 0/0:46 0/0:37 0/0:25 0/0:46 1/0:20 0/0:84 0/0:5 ./.:0 0/0:7 0/0:43 0/0:40 0/0:255 0/0:20 1/0:184 0/0:25 0/0:33 0/0:267 0/0:56 0/0:18 1/1:24 0/0:175 0/0:57 0/0:18 0/0:18 0/0:25 0/0:19 0/0:39 0/0:14 1/0:40 0/0:57 0/0:7 0/0:25 0/0:1 0/0:96 0/0:117 0/0:103 0/0:25 0/0:47 ./.:0 0/0:1 0/0:2 0/0:932 0/0:13 0/0:308 0/0:215 0/0:479 1 25445572 . C T . PASS AA=c;AC=2;AN=176;DP=9941;reflink.geneName=77753;refseq.changesAA=true;refseq.functionalClass=missense;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:8 0/0:7 0/0:306 0/0:8 0/0:9 0/0:36 0/0:38 0/0:87 0/0:340 0/0:267 0/1:230 0/0:341 0/0:36 0/0:15 0/0:251 0/0:67 0/0:294 0/0:299 0/0:2 0/0:34 0/0:2 0/0:27 0/0:240 0/0:87 0/0:286 0/0:366 0/0:286 0/0:285 0/0:6 0/0:250 0/0:13 0/0:78 0/0:3 0/0:101 0/0:3 0/0:320 0/0:12 0/0:227 0/0:102 0/0:262 0/0:5 0/0:72 0/0:15 0/0:119 0/0:46 0/0:38 0/0:25 0/0:46 0/0:21 0/0:83 0/0:5 ./.:0 0/0:7 0/0:44 0/0:42 0/0:257 0/0:20 0/0:187 0/0:25 0/0:34 0/0:274 0/0:55 0/0:18 0/0:25 0/0:173 0/0:56 0/0:19 0/0:18 0/0:25 0/0:19 0/0:39 0/0:14 0/0:40 0/0:56 0/0:7 0/0:24 0/0:1 0/1:94 0/0:117 0/0:101 0/0:26 0/0:47 ./.:0 0/0:1 0/0:2 0/0:935 0/0:13 0/0:313 0/0:220 0/0:487 1 25445603 rs34619962 A G . PASS AA=a;AC=1;AN=178;DP=10006;dbsnp.avHeSE=0.155206;dbsnp.avHet=0.054012;dbsnp.bin=779;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=25445603;dbsnp.chromStart=25445603;dbsnp.chrpos=1:25445603;dbsnp.class=single;dbsnp.func=missense;dbsnp.haplotypeAlternate=A/G;dbsnp.haplotypeReference=A;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs34619962;dbsnp.observed=A/G;dbsnp.refNCBI=A;dbsnp.refUCSC=A;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-cluster,by-frequency;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=77753;refseq.changesAA=true;refseq.functionalClass=missense;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:9 0/0:9 0/0:324 0/0:10 0/0:9 0/0:37 0/0:38 0/0:79 0/0:355 0/0:260 0/0:290 0/0:227 0/0:26 0/0:22 0/0:262 0/0:55 0/1:284 0/0:312 ./.:1 0/0:30 0/0:2 0/0:25 0/0:312 0/0:71 0/0:302 0/0:450 0/0:302 0/0:284 0/0:7 0/0:260 0/0:15 0/0:64 0/0:3 0/0:81 0/0:5 0/0:322 0/0:13 0/0:169 0/0:92 0/0:264 0/0:5 0/0:54 0/0:19 0/0:117 0/0:45 0/0:28 0/0:20 0/0:55 0/0:25 0/0:60 0/0:5 0/0:1 0/0:7 0/0:45 0/0:45 0/0:232 0/0:27 0/0:221 0/0:23 0/0:38 0/0:283 0/0:54 0/0:16 0/0:28 0/0:169 0/0:68 0/0:17 0/0:23 0/0:28 0/0:24 0/0:37 0/0:12 0/0:51 0/0:52 0/0:7 0/0:25 0/0:1 0/0:86 0/0:120 0/0:89 0/0:33 0/0:41 0/0:2 0/0:1 0/0:2 0/0:929 0/0:10 0/0:326 0/0:239 0/0:479 1 26221832 rs35744844 C T . 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PASS AA=G;AC=35;AN=138;DP=6486;dbsnp.avHeSE=0.231712;dbsnp.avHet=0.343858;dbsnp.bin=785;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=26230254;dbsnp.chromStart=26230254;dbsnp.chrpos=1:26230254;dbsnp.class=single;dbsnp.func=coding-synon;dbsnp.haplotypeAlternate=A/G;dbsnp.haplotypeReference=G;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs11247848;dbsnp.observed=A/G;dbsnp.refNCBI=G;dbsnp.refUCSC=G;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-cluster,by-frequency,by-1000genomes;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=86107;refseq.changesAA=false;refseq.functionalClass=silent;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP ./.:0 ./.:0 0/0:141 ./.:0 ./.:0 1/0:23 0/0:28 0/0:84 0/0:167 0/0:118 0/0:280 1/0:171 0/0:16 1/0:15 1/1:129 1/0:61 1/0:141 1/0:131 ./.:0 0/0:16 ./.:0 1/1:26 0/0:177 0/0:18 0/0:140 0/0:336 1/0:140 0/0:114 ./.:0 0/0:96 1/0:6 1/0:96 ./.:0 0/0:58 ./.:0 1/0:134 ./.:0 1/0:97 1/0:93 0/0:95 ./.:0 1/0:28 1/0:9 0/0:15 0/0:30 0/0:15 0/0:3 0/0:45 0/0:26 1/0:39 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:23 1/0:19 1/0:120 1/0:6 0/0:138 1/1:8 ./.:3 1/0:138 0/0:30 0/0:14 1/0:14 0/0:164 0/0:33 0/0:24 0/0:13 1/0:8 0/0:7 1/0:22 1/0:23 0/0:19 1/0:35 ./.:0 0/0:8 ./.:0 1/0:68 1/0:199 0/0:140 1/0:9 0/0:51 ./.:1 ./.:0 ./.:0 1/0:1026 ./.:2 0/0:348 1/0:115 0/0:301 1 34435731 rs3795411 C T . PASS AA=C;AC=1;AN=180;DP=9076;HM2;dbsnp.avHeSE=0.096822;dbsnp.avHet=0.01951;dbsnp.bin=847;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=34435731;dbsnp.chromStart=34435731;dbsnp.chrpos=1:34435731;dbsnp.class=single;dbsnp.func=coding-synon;dbsnp.haplotypeAlternate=C/T;dbsnp.haplotypeReference=C;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs3795411;dbsnp.observed=C/T;dbsnp.refNCBI=C;dbsnp.refUCSC=C;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-frequency,by-hapmap;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=79184;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:47 0/0:36 0/0:257 0/0:43 0/0:15 0/0:55 0/0:37 0/0:71 0/0:236 0/0:195 0/0:249 0/0:223 0/0:53 0/0:14 0/0:254 0/0:86 0/0:311 0/0:307 0/0:15 0/0:35 0/0:25 0/0:35 0/0:189 0/0:57 0/0:236 0/0:295 0/0:263 0/0:258 0/0:26 0/0:315 0/0:8 0/0:107 0/0:11 0/0:93 0/0:26 0/0:301 0/0:39 0/0:95 0/0:114 0/0:180 0/0:28 0/0:91 0/0:15 0/0:18 0/0:2 0/0:25 0/0:3 0/0:27 0/0:52 0/0:56 0/0:40 0/0:45 0/0:38 0/0:43 0/0:29 0/0:212 0/0:20 0/0:205 0/0:17 0/0:171 0/0:263 0/0:70 0/0:19 0/0:26 0/0:100 0/0:74 0/0:27 0/0:31 0/0:18 0/0:17 0/0:28 0/0:19 0/0:60 0/0:57 0/0:26 0/0:19 0/0:45 0/0:91 0/1:129 0/0:76 0/0:14 0/0:59 0/0:29 0/0:35 0/0:24 0/0:569 0/0:7 0/0:238 0/0:128 0/0:429 1 34435767 rs3795412 G A . 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PASS AA=G;AC=36;AN=178;DP=9707;HM2;dbsnp.avHeSE=0.13528;dbsnp.avHet=0.460236;dbsnp.bin=847;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=34435795;dbsnp.chromStart=34435795;dbsnp.chrpos=1:34435795;dbsnp.class=single;dbsnp.func=missense;dbsnp.haplotypeAlternate=C/G;dbsnp.haplotypeReference=C;dbsnp.haplotypeStrand=-;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs1382602;dbsnp.observed=C/G;dbsnp.refNCBI=C;dbsnp.refUCSC=C;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=-;dbsnp.valid=by-cluster,by-frequency,by-submitter,by-2hit-2allele,by-hapmap;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=79184;refseq.changesAA_1=true;refseq.changesAA_2=true;refseq.functionalClass_1=missense;refseq.functionalClass_2=missense;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:59 0/0:33 0/1:276 0/1:44 0/0:17 0/1:44 0/0:30 0/0:91 0/0:260 0/0:207 0/0:271 0/0:161 0/1:28 0/1:19 0/0:259 0/0:97 0/0:309 0/0:331 0/1:13 0/0:25 0/0:35 0/0:26 0/0:204 1/1:50 1/1:248 0/0:315 0/0:277 0/0:262 0/0:27 0/0:320 0/0:7 0/0:114 0/0:10 0/0:112 0/1:34 0/0:323 1/1:39 0/1:117 0/0:128 0/1:200 0/0:28 0/0:84 0/1:10 0/0:14 0/0:4 0/1:25 ./.:1 0/1:14 0/0:46 0/0:50 0/0:41 0/1:41 0/0:44 0/0:44 0/0:38 0/1:198 0/1:13 0/0:261 0/0:20 0/1:186 0/0:285 0/0:55 0/1:14 0/1:23 1/1:97 0/0:78 0/0:21 0/0:21 0/0:20 0/0:14 0/1:34 0/0:21 0/1:55 0/1:53 1/1:28 1/1:22 0/0:46 0/0:121 0/0:185 0/0:100 0/0:14 0/0:74 1/1:32 0/0:36 0/0:19 0/0:742 0/0:8 0/1:277 0/0:166 0/0:462 1 34435998 rs1414474 C G . PASS AA=C;AC=32;AN=174;DP=10019;HM2;dbsnp.avHeSE=0.244583;dbsnp.avHet=0.305103;dbsnp.bin=847;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=34435998;dbsnp.chromStart=34435998;dbsnp.chrpos=1:34435998;dbsnp.class=single;dbsnp.func=missense;dbsnp.haplotypeAlternate=C/G;dbsnp.haplotypeReference=C;dbsnp.haplotypeStrand=-;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs1414474;dbsnp.observed=C/G;dbsnp.refNCBI=C;dbsnp.refUCSC=C;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=-;dbsnp.valid=by-cluster,by-frequency,by-hapmap,by-1000genomes;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=79184;refseq.changesAA_1=true;refseq.changesAA_2=true;refseq.functionalClass_1=missense;refseq.functionalClass_2=missense;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:49 0/0:22 0/1:271 0/1:57 0/0:14 0/0:31 0/0:24 0/0:96 0/0:331 0/0:228 0/0:392 0/0:134 0/1:10 0/0:20 0/0:288 0/0:78 0/0:291 0/0:327 0/1:10 0/0:15 0/0:22 0/0:23 0/0:303 1/1:61 1/1:237 0/0:533 0/0:292 0/0:283 0/0:17 0/0:290 0/0:2 0/0:118 ./.:2 0/0:99 0/1:27 0/0:309 1/1:36 0/1:91 0/0:184 0/1:193 0/0:16 0/0:66 0/0:3 0/0:2 ./.:0 0/1:5 ./.:1 0/1:4 0/0:29 0/0:41 0/0:28 0/1:32 0/0:40 0/0:42 0/0:25 0/1:164 0/1:13 0/0:175 0/0:11 0/1:158 0/0:245 0/0:32 0/1:24 0/1:27 0/1:124 0/0:49 0/0:26 0/0:29 0/0:20 0/0:9 0/1:34 0/0:26 0/1:43 0/1:35 1/1:22 1/1:30 0/0:32 0/0:84 0/0:225 0/0:109 0/0:12 0/0:51 1/1:16 0/0:28 0/0:14 0/0:1000 0/0:9 0/1:357 0/0:176 0/0:466 1 35975172 rs35490896 G A . PASS AA=G;AC=11;AN=176;DP=9928;reflink.geneName=84499;refseq.changesAA=true;refseq.functionalClass=nonsense;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 1/0:88 0/0:16 0/0:145 0/0:110 1/0:19 0/0:50 0/0:60 0/0:85 0/0:150 0/0:145 0/0:135 0/0:377 0/0:89 0/0:37 0/0:135 1/0:80 0/0:204 0/0:277 1/1:32 0/0:80 0/0:37 0/0:47 0/0:72 0/0:53 0/0:186 0/0:162 0/0:175 0/0:151 0/0:26 0/0:186 0/0:13 0/0:72 1/0:23 0/0:237 0/0:147 0/0:215 0/0:104 0/0:286 0/0:73 0/0:136 0/0:14 0/0:106 0/0:83 0/0:86 0/0:55 1/0:89 0/0:48 0/0:119 0/0:93 0/0:69 0/0:126 0/0:55 0/0:103 0/0:48 0/0:30 0/0:276 0/0:41 0/0:315 0/0:23 1/0:203 1/0:219 0/0:156 0/0:40 0/0:47 0/0:130 0/0:61 0/0:29 0/0:34 0/0:21 0/0:35 0/0:50 0/0:14 0/0:63 0/0:68 0/0:71 1/0:45 0/0:23 0/0:126 0/0:163 0/0:115 ./.:4 0/0:37 0/0:24 0/0:43 0/0:22 0/0:689 ./.:2 0/0:304 0/0:194 1/0:402 1 35975552 rs56311745 G A . PASS AA=G;AC=1;AN=180;DP=8116;dbsnp.avHeSE=0;dbsnp.avHet=0;dbsnp.bin=859;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=35975552;dbsnp.chromStart=35975552;dbsnp.chrpos=1:35975552;dbsnp.class=single;dbsnp.func=missense;dbsnp.haplotypeAlternate=A/G;dbsnp.haplotypeReference=G;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs56311745;dbsnp.observed=A/G;dbsnp.refNCBI=G;dbsnp.refUCSC=G;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=unknown;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=84499;refseq.changesAA=true;refseq.functionalClass=missense;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:55 0/0:9 0/0:89 0/0:44 0/0:12 0/0:40 0/0:57 0/0:57 0/0:112 0/0:87 0/0:103 0/0:341 0/0:73 0/0:63 0/0:74 0/0:89 0/0:114 0/0:157 0/0:12 0/0:80 0/0:21 0/0:38 0/0:61 0/0:37 0/0:80 0/0:93 0/0:101 0/0:97 0/0:16 0/0:112 0/0:24 0/0:63 0/0:7 1/0:177 0/0:55 0/0:107 0/0:48 0/0:283 0/0:80 0/0:64 0/0:4 0/0:66 0/0:68 0/0:60 0/0:58 0/0:104 0/0:67 0/0:103 0/0:101 0/0:58 0/0:56 0/0:24 0/0:47 0/0:56 0/0:49 0/0:292 0/0:46 0/0:317 0/0:26 0/0:80 0/0:307 0/0:140 0/0:38 0/0:44 0/0:134 0/0:71 0/0:37 0/0:32 0/0:22 0/0:30 0/0:37 0/0:11 0/0:54 0/0:67 0/0:36 0/0:33 0/0:15 0/0:160 0/0:104 0/0:142 0/0:5 0/0:31 0/0:21 0/0:15 0/0:12 0/0:815 0/0:4 0/0:270 0/0:196 0/0:319 1 35975603 rs55647365 C T . PASS AA=C;AC=1;AN=180;DP=6834;dbsnp.avHeSE=0;dbsnp.avHet=0;dbsnp.bin=859;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=35975603;dbsnp.chromStart=35975603;dbsnp.chrpos=1:35975603;dbsnp.class=single;dbsnp.func=missense;dbsnp.haplotypeAlternate=C/T;dbsnp.haplotypeReference=C;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs55647365;dbsnp.observed=C/T;dbsnp.refNCBI=C;dbsnp.refUCSC=C;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=unknown;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=84499;refseq.changesAA=true;refseq.functionalClass=missense;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:46 0/0:7 0/0:70 0/0:40 0/0:10 0/0:25 0/0:42 0/0:56 0/0:92 0/0:86 0/0:115 0/0:196 0/0:73 0/0:38 0/0:73 0/0:76 0/0:97 0/0:124 0/0:13 0/0:86 0/0:20 0/0:32 0/0:50 0/0:24 0/0:74 0/0:81 0/0:71 0/0:88 0/0:10 0/0:93 0/0:20 0/0:55 0/0:8 0/0:121 0/0:47 0/0:113 0/0:48 0/0:163 0/0:55 0/0:48 0/0:6 0/0:44 0/0:80 0/0:111 0/0:42 0/0:109 0/0:53 0/0:141 0/0:84 0/1:43 0/0:46 0/0:15 0/0:41 0/0:36 0/0:31 0/0:226 0/0:38 0/0:221 0/0:22 0/0:62 0/0:205 0/0:124 0/0:38 0/0:40 0/0:130 0/0:32 0/0:30 0/0:25 0/0:16 0/0:24 0/0:30 0/0:10 0/0:39 0/0:36 0/0:30 0/0:31 0/0:15 0/0:102 0/0:121 0/0:150 0/0:3 0/0:27 0/0:14 0/0:13 0/0:12 0/0:815 0/0:2 0/0:260 0/0:142 0/0:281 1 35985134 rs34390044 G T . 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PASS AA=T;AC=30;AN=178;DP=7926;HM2;HM3;dbsnp.avHeSE=0.072696;dbsnp.avHet=0.489197;dbsnp.bin=859;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=35998535;dbsnp.chromStart=35998535;dbsnp.chrpos=1:35998535;dbsnp.class=single;dbsnp.func=missense;dbsnp.haplotypeAlternate=C/T;dbsnp.haplotypeReference=T;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs7537203;dbsnp.observed=C/T;dbsnp.refNCBI=T;dbsnp.refUCSC=T;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-cluster,by-frequency,by-2hit-2allele,by-hapmap,by-1000genomes;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=84499;refseq.changesAA=true;refseq.functionalClass=missense;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 1/0:56 0/0:16 0/0:100 1/0:78 1/0:16 0/0:57 0/0:62 0/0:50 0/0:107 0/0:76 0/0:127 0/0:225 0/0:93 1/0:43 0/0:96 1/0:69 0/0:120 0/0:180 1/1:26 0/0:59 1/0:39 0/0:43 0/0:65 1/0:26 1/0:98 0/0:118 0/0:121 0/0:111 0/0:24 0/0:140 0/0:12 0/0:62 1/0:24 0/0:180 1/0:86 1/0:114 0/0:77 0/0:263 0/0:79 0/0:90 1/0:27 0/0:63 0/0:50 0/0:68 1/0:43 1/0:88 0/0:45 0/0:62 0/0:68 0/0:46 1/0:98 0/0:58 0/0:84 0/0:48 1/0:19 0/0:278 1/0:26 0/0:250 0/0:29 1/0:196 1/0:226 0/0:119 0/0:43 0/0:43 0/0:124 1/0:55 0/0:32 0/0:35 0/0:41 0/0:42 0/0:46 1/0:21 0/0:41 0/0:42 0/0:73 1/1:26 0/0:11 0/0:110 1/1:108 0/0:128 1/0:8 0/0:51 1/0:18 0/0:6 0/0:14 0/0:584 ./.:4 0/0:287 0/0:170 1/0:344 1 35999342 . C G . PASS AA=C;AC=1;AN=180;DP=6040;reflink.geneName=84499;refseq.changesAA=false;refseq.functionalClass=silent;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:43 0/0:12 0/0:46 0/0:47 0/0:5 0/0:44 0/0:43 0/0:89 0/0:82 0/0:54 0/0:92 0/0:194 0/0:43 0/0:28 0/0:67 0/0:57 0/0:71 0/0:116 0/0:12 0/0:67 0/0:23 0/0:28 0/0:59 0/0:21 0/0:54 0/0:66 0/0:81 0/0:71 0/0:11 0/0:71 0/0:16 0/0:55 0/0:8 0/0:158 0/0:45 0/0:67 0/0:62 0/0:175 0/0:40 0/0:57 0/0:18 0/0:39 0/0:51 0/0:45 0/0:46 0/0:75 0/0:42 0/0:63 0/0:51 0/0:35 0/0:56 0/0:19 0/0:62 0/0:25 0/0:18 0/0:175 0/0:29 0/1:171 0/0:21 0/0:88 0/0:120 0/0:73 0/0:23 0/0:31 0/0:123 0/0:39 0/0:18 0/0:20 0/0:11 0/0:13 0/0:39 0/0:4 0/0:31 0/0:49 0/0:24 0/0:33 0/0:6 0/0:83 0/0:171 0/0:163 0/0:5 0/0:45 0/0:6 0/0:3 0/0:17 0/0:599 0/0:1 0/0:305 0/0:168 0/0:308 1 36002845 . T G . PASS AA=T;AC=1;AN=180;DP=6589;reflink.geneName=84499;refseq.changesAA=true;refseq.functionalClass=missense;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:59 0/0:5 0/0:63 0/0:50 0/0:5 0/0:19 0/0:20 0/0:70 0/0:117 0/0:78 0/0:178 0/0:106 0/0:69 0/0:18 0/0:76 0/0:62 0/0:74 1/0:112 0/0:21 0/0:85 0/0:19 0/0:14 0/0:90 0/0:23 0/0:69 0/0:110 0/0:96 0/0:59 0/0:11 0/0:107 0/0:12 0/0:73 0/0:10 0/0:61 0/0:42 0/0:72 0/0:82 0/0:108 0/0:93 0/0:77 0/0:9 0/0:30 0/0:67 0/0:79 0/0:61 0/0:110 0/0:58 0/0:116 0/0:91 0/0:10 0/0:72 0/0:22 0/0:65 0/0:4 0/0:8 0/0:76 0/0:40 0/0:113 0/0:16 0/0:96 0/0:77 0/0:121 0/0:36 0/0:34 0/0:244 0/0:26 0/0:40 0/0:28 0/0:21 0/0:12 0/0:34 0/0:6 0/0:6 0/0:10 0/0:37 0/0:21 0/0:7 0/0:27 0/0:138 0/0:276 0/0:8 0/0:42 0/0:3 0/0:1 0/0:9 0/0:667 0/0:6 0/0:403 0/0:201 0/0:390 1 36008042 rs61751002 C T . PASS AA=C;AC=5;AN=146;DP=5089;dbsnp.avHeSE=0;dbsnp.avHet=0;dbsnp.bin=859;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=36008042;dbsnp.chromStart=36008042;dbsnp.chrpos=1:36008042;dbsnp.class=single;dbsnp.func=missense;dbsnp.haplotypeAlternate=C/T;dbsnp.haplotypeReference=C;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs61751002;dbsnp.observed=C/T;dbsnp.refNCBI=C;dbsnp.refUCSC=C;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=unknown;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=84499;refseq.changesAA=true;refseq.functionalClass=missense;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:4 0/0:2 0/0:133 ./.:1 0/0:3 0/0:25 0/0:39 0/0:50 0/0:136 0/0:114 0/0:123 0/0:374 0/0:2 0/1:15 0/0:138 0/0:20 0/0:148 0/0:129 0/0:1 0/0:3 ./.:0 0/0:42 0/0:83 0/1:20 0/1:121 0/0:107 0/0:144 0/0:99 0/0:2 0/0:89 ./.:0 0/0:27 0/0:1 0/0:157 ./.:0 0/1:137 0/0:1 0/0:174 0/0:36 0/0:119 ./.:0 0/0:59 0/0:2 0/0:5 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:1 ./.:0 0/0:71 ./.:0 ./.:0 0/0:3 0/0:54 0/1:29 0/0:290 0/0:2 0/0:276 0/0:1 0/0:12 0/0:347 0/0:4 0/0:3 ./.:0 0/0:46 0/0:68 0/0:1 0/0:1 0/0:4 0/0:1 0/0:2 ./.:0 0/0:68 0/0:68 0/0:1 ./.:0 ./.:0 0/0:125 0/0:85 0/0:30 0/0:12 0/0:16 ./.:1 ./.:0 0/0:1 0/0:219 0/0:2 0/0:120 0/0:62 0/0:178 1 37098064 rs6691840 A C . PASS AA=C;AC=32;AN=150;DP=6871;HM2;HM3;dbsnp.avHeSE=0.210217;dbsnp.avHet=0.38531;dbsnp.bin=868;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=37098064;dbsnp.chromStart=37098064;dbsnp.chrpos=1:37098064;dbsnp.class=single;dbsnp.func=missense;dbsnp.haplotypeAlternate=A/C;dbsnp.haplotypeReference=A;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs6691840;dbsnp.observed=A/C;dbsnp.refNCBI=A;dbsnp.refUCSC=A;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-cluster,by-frequency,by-2hit-2allele,by-hapmap;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=88449;refseq.changesAA=true;refseq.functionalClass=missense;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 1/1:18 0/1:21 0/0:183 0/1:32 0/1:9 0/1:40 0/0:40 0/0:69 0/0:158 0/0:129 0/0:179 0/0:308 ./.:2 ./.:14 0/0:180 1/1:19 0/0:192 0/1:181 0/1:10 ./.:2 0/0:14 0/0:50 0/0:148 0/1:17 0/1:168 0/0:238 0/0:163 0/1:148 0/1:18 1/1:123 0/0:9 0/1:43 0/0:8 1/1:78 0/0:20 0/0:209 0/1:24 0/0:154 0/0:105 0/0:139 0/0:16 0/1:93 ./.:0 ./.:1 ./.:0 ./.:1 ./.:0 ./.:0 0/1:3 0/0:98 0/1:31 0/1:13 0/1:22 0/0:96 0/1:40 0/0:346 0/0:4 0/1:203 0/0:8 0/0:83 0/0:344 0/0:5 ./.:2 ./.:1 0/1:76 0/0:49 ./.:1 ./.:2 0/1:14 ./.:0 0/0:24 0/1:2 0/0:87 0/0:57 0/0:8 0/0:12 0/0:9 0/0:121 0/0:109 0/0:35 ./.:3 0/0:53 0/1:13 0/0:8 0/0:8 0/0:504 0/0:4 0/0:215 0/1:94 0/0:291 1 37098185 . C T . PASS AA=C;AC=1;AN=154;DP=7044;reflink.geneName=88449;refseq.changesAA=false;refseq.functionalClass=silent;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:46 0/0:27 0/0:225 0/0:63 0/0:13 0/0:37 0/0:27 0/0:55 0/0:192 0/0:184 0/0:207 0/0:88 ./.:0 0/0:13 0/0:250 0/0:47 0/0:271 0/0:268 0/0:18 ./.:0 0/0:34 0/0:22 0/0:115 0/0:47 0/0:217 0/0:168 0/0:253 0/0:240 0/0:18 0/0:251 0/0:8 0/0:66 0/0:19 0/0:53 0/0:50 0/0:241 0/0:48 0/0:84 0/0:112 0/0:191 0/0:21 0/0:54 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:33 0/0:62 0/0:30 0/0:41 0/0:32 0/0:18 0/0:159 ./.:0 0/0:114 0/0:12 0/0:157 0/0:183 0/0:1 0/0:1 ./.:0 0/0:90 0/0:36 0/0:2 0/0:1 0/0:23 ./.:0 0/0:27 ./.:0 0/0:29 0/0:26 0/0:23 0/0:17 0/0:22 0/0:49 0/0:150 0/0:63 0/0:6 0/0:46 0/0:22 0/0:9 0/0:18 0/0:467 0/0:8 0/1:230 0/0:116 0/0:378 1 37110546 . G A . PASS AA=G;AC=4;AN=178;DP=6646;reflink.geneName=88449;refseq.changesAA=true;refseq.functionalClass=missense;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:27 0/0:16 0/0:275 0/0:28 0/0:13 1/0:21 0/0:17 0/0:52 0/0:206 0/0:231 0/0:153 0/0:47 0/0:6 0/0:2 0/0:254 0/0:43 0/0:305 0/0:302 0/0:5 0/0:11 0/0:14 0/0:16 0/0:88 0/0:64 0/0:295 0/0:160 0/0:247 0/0:279 0/0:17 0/0:293 0/0:8 0/0:66 0/0:6 0/0:31 0/0:38 0/0:321 0/0:37 0/0:37 0/0:91 0/0:230 0/0:6 1/0:51 0/0:3 0/0:1 0/0:1 0/0:4 0/0:1 0/0:6 0/0:19 0/0:28 0/0:29 0/0:37 1/0:24 0/0:26 0/0:10 0/0:164 0/0:6 0/0:85 0/0:5 0/0:131 0/0:130 0/0:16 0/0:10 0/0:17 0/0:70 0/0:23 0/0:9 0/0:8 0/0:22 0/0:1 0/0:18 0/0:6 0/0:39 0/0:30 0/0:16 0/0:23 0/0:20 0/0:28 0/0:62 0/0:46 1/0:11 0/0:31 0/0:24 0/0:23 0/0:4 0/0:391 ./.:8 0/0:157 0/0:85 0/0:329 1 40510176 rs2076697 T C . 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G T . PASS AA=G;AC=1;AN=180;DP=8536;reflink.geneName=84856;refseq.changesAA=true;refseq.functionalClass=missense;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:41 0/0:3 0/0:138 0/0:29 0/0:3 0/0:20 0/0:31 0/0:79 0/0:185 0/0:117 0/0:209 0/0:186 0/0:66 0/0:25 0/0:148 0/0:91 0/0:148 0/0:169 0/0:7 0/0:54 0/0:10 0/0:23 0/0:196 0/0:59 0/0:149 0/0:245 0/0:162 0/0:152 0/0:14 0/0:133 0/0:12 0/0:109 0/0:12 0/0:83 0/0:35 0/0:148 0/0:26 0/0:146 0/0:112 0/0:145 0/0:4 0/0:60 0/0:49 0/0:180 0/0:131 0/0:73 0/0:39 0/0:107 0/0:56 0/0:53 0/0:29 0/0:18 0/0:24 0/0:27 0/0:29 0/0:170 0/0:18 0/0:180 0/0:22 0/0:45 0/0:180 0/0:108 0/0:24 0/1:24 0/0:177 0/0:36 0/0:20 0/0:15 0/0:24 0/0:25 0/0:31 0/0:9 0/0:36 0/0:34 0/0:10 0/0:29 0/0:3 0/0:71 0/0:204 0/0:183 0/0:18 0/0:69 0/0:6 0/0:8 0/0:6 0/0:1152 0/0:6 0/0:375 0/0:231 0/0:388 1 40733206 rs41301076 G A . 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PASS AA=T;AC=1;AN=180;DP=8302;dbsnp.avHeSE=0;dbsnp.avHet=0;dbsnp.bin=895;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=40733703;dbsnp.chromStart=40733703;dbsnp.chrpos=1:40733703;dbsnp.class=single;dbsnp.func=coding-synon;dbsnp.haplotypeAlternate=C/T;dbsnp.haplotypeReference=T;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs61781612;dbsnp.observed=C/T;dbsnp.refNCBI=T;dbsnp.refUCSC=T;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=unknown;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=84856;refseq.changesAA=false;refseq.functionalClass=silent;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:44 0/0:5 0/0:106 0/0:31 0/0:13 0/0:21 0/0:27 0/0:89 0/0:158 0/0:84 0/0:232 0/0:125 0/0:96 0/0:13 0/0:77 0/0:134 0/0:113 0/0:165 0/0:13 0/0:108 0/0:12 0/0:19 0/0:119 0/0:49 0/0:110 0/0:180 0/0:105 0/0:77 0/0:8 0/0:112 0/0:15 0/0:87 0/0:10 0/0:83 0/0:35 0/0:152 0/0:51 0/0:116 0/0:109 0/0:87 0/0:6 0/0:48 0/0:91 0/0:307 0/0:136 0/0:118 0/0:46 0/0:172 0/0:92 0/0:38 0/0:37 0/0:24 0/0:44 0/0:32 0/0:27 0/0:166 1/0:22 0/0:160 0/0:20 0/0:58 0/0:201 0/0:118 0/0:18 0/0:28 0/0:200 0/0:36 0/0:16 0/0:17 0/0:22 0/0:12 0/0:55 0/0:6 0/0:47 0/0:29 0/0:47 0/0:30 0/0:7 0/0:78 0/0:125 0/0:238 0/0:11 0/0:78 0/0:5 0/0:3 0/0:8 0/0:924 0/0:4 0/0:375 0/0:304 0/0:426 1 40734036 rs3795348 T C . PASS AA=T;AC=8;AN=180;DP=8071;HM2;HM3;reflink.geneName=84856;refseq.changesAA=false;refseq.functionalClass=silent;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 0/0:83 0/0:20 0/0:77 0/0:80 0/0:9 0/0:40 0/0:37 0/0:71 0/0:121 0/0:72 0/0:154 0/0:115 0/0:52 0/0:42 0/0:71 0/0:134 0/0:100 0/0:197 0/0:37 0/0:53 0/0:33 0/0:28 0/0:83 0/0:35 0/0:86 0/0:134 0/0:81 0/0:96 0/0:18 0/0:112 0/0:16 0/0:71 0/0:37 0/0:128 0/0:112 0/0:103 0/0:97 0/0:141 0/0:80 0/0:55 0/0:16 1/0:50 0/0:54 0/0:259 0/0:118 0/0:65 0/0:50 0/0:125 0/0:40 0/0:41 0/0:117 1/0:53 0/0:103 0/0:29 0/0:18 1/0:157 0/0:24 0/0:183 1/0:25 0/0:162 0/0:192 1/0:88 1/0:16 0/0:22 0/0:149 0/0:33 0/0:24 0/0:19 0/0:35 0/0:10 0/0:50 0/0:2 0/0:32 0/0:45 1/0:77 0/0:38 1/0:7 0/0:77 0/0:156 0/0:228 0/0:6 0/0:73 0/0:11 0/0:7 0/0:24 0/0:836 0/0:6 0/0:333 0/0:249 0/0:426 1 42974163 . C T . PASS AA=c;AC=1;AN=126;DP=2952;reflink.geneName=83154;refseq.changesAA_1=true;refseq.changesAA_2=true;refseq.functionalClass_1=missense;refseq.functionalClass_2=missense;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:2 ./.:0 0/0:102 ./.:0 ./.:0 0/0:30 0/0:19 0/0:27 0/0:54 0/0:89 0/0:12 0/0:233 ./.:0 0/0:6 0/0:72 ./.:0 0/0:112 0/0:89 ./.:0 ./.:0 0/0:1 0/0:39 0/0:15 0/0:13 0/0:112 0/0:20 0/0:101 0/0:97 0/0:1 0/0:58 0/0:2 0/0:8 ./.:0 0/0:117 0/0:1 0/0:112 0/0:2 0/0:78 0/0:2 0/0:71 0/0:1 0/0:71 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:72 0/0:1 0/0:1 ./.:1 0/0:38 0/1:19 0/0:80 ./.:0 0/0:143 0/0:10 0/0:8 0/0:163 ./.:0 0/0:2 ./.:0 0/0:21 0/0:24 0/0:2 ./.:0 0/0:12 ./.:0 0/0:25 0/0:1 0/0:77 0/0:48 ./.:0 0/0:13 ./.:1 0/0:71 0/0:19 0/0:3 0/0:6 0/0:3 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:74 ./.:1 0/0:61 0/0:53 0/0:130 1 42974201 rs9660973 C T . PASS AA=c;AC=7;AN=126;DP=3053;HM2;dbsnp.avHeSE=0.203923;dbsnp.avHet=0.105379;dbsnp.bin=912;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=42974201;dbsnp.chromStart=42974201;dbsnp.chrpos=1:42974201;dbsnp.class=single;dbsnp.func=coding-synon;dbsnp.haplotypeAlternate=C/T;dbsnp.haplotypeReference=C;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs9660973;dbsnp.observed=C/T;dbsnp.refNCBI=C;dbsnp.refUCSC=C;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-cluster,by-frequency,by-hapmap,by-1000genomes;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=83154;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:2 0/0:1 0/0:120 ./.:0 ./.:0 0/0:28 0/0:17 0/0:36 0/0:60 0/0:94 0/0:16 0/0:227 ./.:0 ./.:0 0/0:83 ./.:0 0/0:113 0/0:107 ./.:0 ./.:0 0/0:1 0/0:28 0/0:19 0/0:13 0/0:130 0/0:32 0/1:86 0/1:100 0/0:1 0/0:71 0/0:2 0/0:6 ./.:1 0/0:85 0/0:1 0/0:140 0/0:2 0/1:58 0/0:2 0/0:93 0/0:2 0/1:65 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:1 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:64 0/0:2 0/0:1 0/0:2 0/0:46 0/0:27 0/1:124 ./.:0 0/0:123 0/0:11 0/0:8 0/0:156 ./.:0 0/0:2 ./.:0 0/0:21 0/0:28 ./.:0 ./.:0 0/0:10 ./.:0 0/0:25 ./.:0 0/1:69 0/0:52 ./.:0 0/0:12 0/0:2 0/0:67 0/0:22 ./.:2 0/0:5 0/0:3 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:81 ./.:0 0/0:74 0/1:46 0/0:125 1 44063117 rs37458 A G . 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C T . PASS AA=C;AC=1;AN=180;DP=6019;reflink.geneName=81980;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:37 0/0:7 0/0:46 0/1:52 0/0:3 0/0:56 0/0:74 0/0:77 0/0:78 0/0:40 0/0:83 0/0:339 0/0:12 0/0:134 0/0:49 0/0:83 0/0:49 0/0:91 0/0:16 0/0:12 0/0:25 0/0:44 0/0:50 0/0:18 0/0:47 0/0:79 0/0:73 0/0:40 0/0:7 0/0:63 0/0:13 0/0:62 0/0:7 0/0:170 0/0:32 0/0:59 0/0:92 0/0:316 0/0:75 0/0:49 0/0:5 0/0:67 0/0:29 0/0:26 0/0:24 0/0:12 0/0:17 0/0:23 0/0:19 0/0:55 0/0:63 0/0:17 0/0:83 0/0:50 0/0:62 0/0:302 0/0:7 0/0:193 0/0:20 0/0:61 0/0:177 0/0:23 0/0:7 0/0:8 0/0:143 0/0:78 0/0:12 0/0:5 0/0:16 0/0:2 0/0:28 0/0:2 0/0:45 0/0:59 0/0:26 0/0:39 0/0:8 0/0:161 0/0:108 0/0:230 0/0:9 0/0:49 0/0:3 0/0:4 0/0:8 0/0:190 0/0:3 0/0:315 0/0:171 0/0:296 1 46745281 rs12567122 C T . 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PASS AA=C;AC=35;AN=112;DP=3641;reflink.geneName=187935;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP ./.:3 ./.:0 1/1:119 0/0:4 ./.:1 0/1:7 0/1:11 0/1:48 0/0:145 0/1:97 0/0:160 1/1:115 0/0:2 ./.:1 0/0:101 ./.:5 0/1:144 0/1:141 ./.:2 ./.:0 0/1:6 0/1:18 0/0:134 ./.:10 0/0:127 0/1:199 0/1:117 1/1:125 ./.:0 0/1:104 ./.:8 0/0:13 ./.:2 0/0:45 0/0:4 0/0:138 ./.:2 0/0:48 0/0:23 0/0:106 0/1:2 0/1:25 ./.:2 ./.:0 ./.:1 ./.:2 ./.:0 ./.:0 0/0:2 0/0:31 0/0:4 ./.:1 ./.:7 0/1:18 ./.:1 0/1:56 ./.:0 0/1:77 ./.:14 0/1:12 1/1:61 ./.:2 0/1:2 ./.:1 0/1:47 0/0:10 ./.:0 ./.:0 0/1:15 ./.:1 0/0:9 ./.:1 0/1:29 0/1:29 ./.:3 0/0:16 ./.:3 0/1:39 0/0:52 0/1:16 0/1:9 0/1:5 ./.:1 ./.:1 0/0:2 0/0:296 ./.:5 0/1:134 0/0:69 0/0:193 1 46750354 . G A . 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PASS AA=C;AC=5;AN=160;DP=5828;HM2;HM3;dbsnp.avHeSE=0.217148;dbsnp.avHet=0.126117;dbsnp.bin=941;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=46750663;dbsnp.chromStart=46750663;dbsnp.chrpos=1:46750663;dbsnp.class=single;dbsnp.func=coding-synon;dbsnp.haplotypeAlternate=A/C;dbsnp.haplotypeReference=C;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs11211298;dbsnp.observed=A/C;dbsnp.refNCBI=C;dbsnp.refUCSC=C;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-cluster,by-frequency,by-2hit-2allele,by-hapmap;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=187935;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:8 0/0:7 0/0:208 0/0:7 0/0:3 0/0:14 0/0:19 0/0:80 0/0:203 0/0:148 0/0:303 0/0:142 ./.:0 0/0:5 0/0:155 0/0:16 0/0:185 0/0:204 0/0:3 0/0:1 0/0:2 0/0:11 0/0:237 0/0:28 0/0:180 0/0:281 0/0:151 0/0:161 0/0:3 0/0:142 0/0:3 0/0:36 0/0:1 0/0:63 0/0:6 1/0:227 0/0:1 0/0:78 0/0:58 1/0:145 0/0:1 1/0:23 ./.:0 ./.:0 0/0:1 0/0:2 ./.:0 ./.:0 0/0:1 1/0:43 0/0:3 0/0:1 0/0:1 0/0:20 0/0:13 0/0:108 0/0:1 0/0:109 0/0:10 0/0:14 0/0:120 0/0:2 0/0:1 ./.:0 0/0:106 0/0:27 0/0:1 ./.:0 0/0:9 ./.:0 0/0:12 ./.:0 0/0:31 0/0:25 0/0:1 0/0:6 0/0:5 0/0:42 0/0:111 0/0:61 0/0:9 0/0:22 0/0:4 0/0:3 1/0:4 0/0:593 ./.:6 0/0:275 0/0:143 0/0:333 1 50383354 . G A . 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PASS AA=G;AC=5;AN=66;DP=501;dbsnp.avHeSE=0.192677;dbsnp.avHet=0.090703;dbsnp.bin=988;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=52840681;dbsnp.chromStart=52840681;dbsnp.chrpos=1:52840681;dbsnp.class=single;dbsnp.func=coding-synon;dbsnp.haplotypeAlternate=G/T;dbsnp.haplotypeReference=G;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs11205977;dbsnp.observed=G/T;dbsnp.refNCBI=G;dbsnp.refUCSC=G;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=by-cluster,by-frequency;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=83546;refseq.changesAA=false;refseq.functionalClass=silent;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP ./.:0 ./.:0 0/1:50 ./.:0 ./.:0 ./.:2 0/0:6 0/0:7 0/0:10 0/0:16 0/0:2 0/0:16 ./.:0 ./.:0 0/0:18 ./.:0 0/0:32 0/0:21 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:2 ./.:1 ./.:0 1/1:35 0/0:1 0/0:17 0/0:26 ./.:0 0/0:5 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:7 ./.:0 0/1:24 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:18 ./.:0 0/0:10 ./.:1 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:9 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:4 ./.:0 ./.:0 0/0:10 0/0:1 ./.:0 ./.:0 ./.:4 0/0:1 ./.:0 ./.:0 ./.:1 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/1:17 0/0:5 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:1 0/0:5 ./.:0 ./.:7 ./.:0 ./.:0 ./.:0 ./.:0 0/0:30 ./.:0 0/0:9 0/0:39 0/0:31 1 52845042 rs1970951 T C . PASS AA=C;AC=141;AN=172;DP=8776;reflink.geneName=83546;refseq.changesAA=false;refseq.functionalClass=silent;refseq.inCodingRegion=true;refseq.positionType=CDS GT:DP 1/1:30 1/1:21 1/0:266 1/0:36 1/1:19 1/1:34 1/1:30 1/1:72 1/0:258 1/0:190 1/0:274 1/1:173 1/1:16 1/0:16 1/1:215 1/1:52 1/1:278 1/1:284 1/1:23 1/1:10 1/1:18 1/0:41 1/0:230 1/0:45 1/1:250 1/1:386 1/0:226 1/1:242 1/1:14 0/0:233 1/1:10 1/1:73 1/1:10 1/1:98 1/1:35 1/0:281 1/1:36 1/0:125 1/1:140 1/0:158 1/1:14 1/1:84 ./.:4 1/0:5 ./.:0 1/1:3 ./.:0 1/1:3 1/0:28 1/1:67 1/1:46 1/1:37 1/0:32 1/0:42 1/0:26 1/1:252 1/0:10 1/1:223 1/0:23 ./.:156 1/1:277 1/1:23 1/0:15 1/1:11 1/1:103 1/0:63 1/1:13 1/1:10 1/1:36 1/1:4 1/0:30 1/1:9 1/1:50 1/0:56 1/1:32 1/1:22 1/1:36 1/0:93 1/0:82 1/1:61 1/0:22 1/1:36 1/1:19 1/1:19 1/0:16 1/1:768 1/1:9 1/1:267 1/0:175 1/1:416 1 59617059 rs835435 G A . PASS AA=A;AC=73;AN=176;DP=8311;HM2;HM3;reflink.geneName=321292;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 1/0:62 0/0:10 1/1:87 1/0:42 0/0:12 0/0:44 1/1:33 1/0:94 1/1:132 1/0:93 1/0:160 0/0:290 1/0:46 1/0:17 1/0:96 1/1:102 1/0:134 1/1:169 0/0:16 1/0:63 0/0:29 1/0:19 1/0:121 1/0:40 1/1:104 1/0:169 0/0:111 0/0:117 0/0:16 1/0:133 0/0:14 0/0:101 1/0:23 1/0:171 1/0:80 1/0:135 1/0:81 0/0:219 0/0:112 1/0:89 1/0:12 1/0:52 0/0:48 0/0:45 0/0:40 0/0:76 0/0:47 1/0:73 0/0:82 0/0:56 1/0:70 1/0:25 1/0:81 0/0:27 1/0:16 1/0:122 1/0:30 0/0:205 0/0:13 1/1:127 0/0:144 1/0:97 1/1:23 1/1:27 1/0:240 1/0:31 0/0:16 1/1:19 1/0:22 1/0:24 1/1:28 1/0:4 0/0:31 1/0:29 1/0:38 1/0:29 1/1:20 0/0:103 ./.:263 ./.:264 0/0:15 0/0:55 1/0:18 1/1:21 0/0:15 1/1:978 1/0:6 1/0:395 1/0:167 1/1:356 1 59792441 rs62623594 C T . PASS AA=C;AC=6;AN=164;DP=7349;dbsnp.avHeSE=0;dbsnp.avHet=0;dbsnp.bin=1041;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=59792441;dbsnp.chromStart=59792441;dbsnp.chrpos=1:59792441;dbsnp.class=single;dbsnp.func=missense;dbsnp.haplotypeAlternate=C/T;dbsnp.haplotypeReference=C;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs62623594;dbsnp.observed=C/T;dbsnp.refNCBI=C;dbsnp.refUCSC=C;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=unknown;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=321292;refseq.changesAA_1=true;refseq.changesAA_2=true;refseq.functionalClass_1=missense;refseq.functionalClass_2=missense;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:1 0/0:1 0/1:178 0/0:2 0/0:1 0/0:16 0/0:29 0/0:60 0/1:202 0/0:144 0/0:301 0/0:205 0/0:27 0/0:5 0/1:199 0/0:48 0/0:238 0/0:211 0/0:2 0/0:23 ./.:0 0/0:23 0/0:214 0/0:27 0/0:234 0/0:372 0/0:192 0/0:235 0/0:1 0/0:190 0/0:7 0/0:96 ./.:0 0/0:133 0/0:3 0/0:269 ./.:0 0/0:89 0/0:146 0/1:129 ./.:0 0/0:37 0/0:7 0/0:12 0/0:6 0/0:16 0/1:13 0/0:12 0/0:25 0/0:38 ./.:0 0/0:2 0/0:2 0/1:25 0/0:29 0/0:130 0/0:18 0/0:195 0/0:10 ./.:3 0/0:199 0/0:48 0/0:17 0/0:31 0/0:124 0/0:35 0/0:24 0/0:19 0/0:24 0/0:9 0/0:24 0/0:19 0/0:55 0/0:43 0/0:3 0/0:19 ./.:0 0/0:63 0/0:107 0/0:84 0/0:23 0/0:55 0/0:1 0/0:1 ./.:0 0/0:724 0/0:9 0/0:260 0/0:163 0/0:333 1 59792469 . G A . PASS AA=G;AC=1;AN=160;DP=7359;reflink.geneName=321292;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:1 ./.:0 0/0:213 0/0:2 0/0:1 0/0:13 0/0:22 0/0:57 0/0:204 0/0:185 0/0:286 0/0:143 0/0:52 0/0:4 0/0:229 0/0:61 0/0:267 0/0:243 0/0:1 0/0:37 ./.:0 1/0:20 0/0:182 0/0:41 0/0:238 0/0:361 0/0:217 0/0:243 0/0:1 0/0:210 0/0:6 0/0:100 ./.:0 0/0:82 0/0:3 0/0:296 ./.:0 0/0:60 0/0:141 0/0:180 ./.:0 0/0:28 0/0:12 0/0:13 0/0:6 0/0:13 0/0:6 0/0:17 0/0:40 0/0:28 ./.:0 ./.:0 0/0:2 0/0:24 0/0:16 0/0:122 0/0:34 0/0:145 0/0:10 ./.:3 0/0:140 0/0:73 0/0:18 0/0:32 0/0:110 0/0:40 0/0:19 0/0:23 0/0:24 0/0:27 0/0:22 0/0:18 0/0:42 0/0:29 0/0:2 0/0:15 ./.:0 0/0:47 0/0:113 0/0:80 0/0:20 0/0:61 0/0:1 0/0:1 ./.:0 0/0:679 0/0:9 0/0:271 0/0:168 0/0:354 1 59912333 . C T . PASS AA=C;AC=1;AN=180;DP=11143;reflink.geneName=321292;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS GT:DP 0/0:14 0/0:13 0/0:258 0/0:13 0/0:6 0/0:37 0/0:45 0/0:91 0/0:340 0/0:204 0/0:496 0/0:366 0/0:54 0/0:21 0/0:218 0/0:59 0/0:280 0/0:272 0/0:8 0/0:47 0/0:14 0/0:49 0/0:329 0/0:45 0/0:229 0/0:611 0/0:234 0/0:240 0/0:9 0/0:237 0/0:14 0/0:172 0/0:5 0/0:202 0/0:12 0/0:269 0/0:24 0/0:172 0/0:204 0/0:173 0/0:7 0/0:91 0/0:23 0/0:21 0/0:3 0/0:35 0/0:3 0/0:31 0/0:75 0/0:77 0/0:12 0/0:9 0/0:27 0/0:49 0/0:35 0/0:310 0/0:25 0/0:321 0/0:15 0/0:53 0/0:370 0/0:128 0/0:30 0/0:35 0/0:198 0/0:67 0/0:31 0/0:30 0/1:22 0/0:19 0/0:33 0/0:24 0/0:89 0/0:74 0/0:5 0/0:15 0/0:5 0/0:130 0/0:146 0/0:94 0/0:31 0/0:61 0/0:9 0/0:2 0/0:10 0/0:1107 0/0:12 0/0:414 0/0:189 0/0:455 1 61326636 rs41289414 C T . PASS AA=C;AC=2;AN=180;DP=11498;dbsnp.avHeSE=0;dbsnp.avHet=0;dbsnp.bin=1052;dbsnp.chrom=chr1;dbsnp.chromEnd=61326636;dbsnp.chromStart=61326636;dbsnp.chrpos=1:61326636;dbsnp.class=single;dbsnp.func=coding-synon;dbsnp.haplotypeAlternate=C/T;dbsnp.haplotypeReference=C;dbsnp.haplotypeStrand=+;dbsnp.locType=exact;dbsnp.molType=genomic;dbsnp.name=rs41289414;dbsnp.observed=C/T;dbsnp.refNCBI=C;dbsnp.refUCSC=C;dbsnp.score=0;dbsnp.strand=+;dbsnp.valid=unknown;dbsnp.weight=1;reflink.geneName=82092;refseq.changesAA_1=false;refseq.changesAA_2=false;refseq.changesAA_3=false;refseq.changesAA_4=false;refseq.functionalClass_1=silent;refseq.functionalClass_2=silent;refseq.functionalClass_3=silent;refseq.functionalClass_4=silent;refseq.inCodingRegion_1=true;refseq.inCodingRegion_2=true;refseq.inCodingRegion_3=true;refseq.inCodingRegion_4=true;refseq.positionType_1=CDS;refseq.positionType_2=CDS;refseq.positionType_3=CDS;refseq.positionType_4=CDS GT:DP 0/0:131 0/0:29 0/0:148 0/0:150 0/0:37 0/0:55 0/0:43 0/0:120 0/0:151 0/0:141 0/0:216 0/0:196 0/0:89 0/0:36 0/0:114 0/0:131 0/0:214 0/0:275 0/0:39 0/0:90 0/0:62 0/0:32 0/0:100 0/0:45 0/0:164 0/0:167 0/0:158 0/0:176 0/0:35 0/0:175 0/0:16 0/0:89 0/0:66 0/0:138 0/0:188 0/0:190 0/0:136 0/0:200 0/0:104 0/0:92 0/0:30 0/0:104 0/0:74 0/0:84 0/0:73 0/0:91 0/0:72 0/0:117 0/0:99 0/0:65 0/0:172 0/0:119 0/0:150 0/0:39 0/0:33 0/0:197 0/0:57 0/0:306 0/0:32 0/1:397 0/0:258 0/0:164 0/0:57 0/0:58 0/0:198 0/0:48 0/0:47 0/0:46 0/0:36 0/0:65 0/0:48 0/0:36 0/0:55 0/0:58 0/0:66 0/0:49 0/1:22 0/0:140 0/0:174 0/0:200 0/0:6 0/0:40 0/0:24 0/0:18 0/0:35 0/0:1334 0/0:4 0/0:403 0/0:209 0/0:551 1 61621602 . G C . 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C G . 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C T . 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G A . 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C T . 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